O artigo 9.º do Decreto-Lei n.º 122/88, de 20 de abril criou um Regime Especial de Tributação, em sede de IVA, especificamente para os sujeitos passivos cuja atividade é "a venda de pescado nas lotas", que determina que "o IVA correspondente às vendas de peixe, crustáceos e moluscos efetuadas pelas lotas será por estas entregue ao Estado, em substituição dos pescadores ou armadores por conta de quem as vendas são efetuadas". Na prática, os sujeitos passivos que exercem a atividade de "pesca" incluindo a de crustáceos e moluscos não tem que liquidar nem entregar ao Estado o IVA referente às vendas por si efetuadas em lota, sendo essa responsabilidade da lota (adquirente do peixe, crustáceos ou moluscos).

As vendas efetuadas pelas lotas, em substituição dos pescadores não são relevadas da declaração periódica do sujeito passivo (pescador) pois não é ele que liquida o respetivo imposto.

Não se trata de um sujeito passivo isento de IVA, mas de um enquadramento especial em sede de IVA, e por esse facto também está dispensado de apresentar declarações periódicas. De qualquer modo, os sujeitos passivos enquadrados no regime especial de tributação em apreço devem proceder à entrega de declarações periódicas nos períodos em que tenham operações ativas e/ou passivas, excluindo, como foi já mencionado, as relativas ao citado regime especial.

Este regime especial foi criado especificamente para os sujeitos passivos que efetuam as suas vendas em lota, simplificando obrigações por parte dos pescadores e armadores e por outro lado um melhor controlo do imposto por parte da Administração Fiscal.

De salientar que só aquelas atividades merecem enquadramento no referido Decreto-Lei n.º 122/88, pelo que as demais, designadamente as atividades de transformação, conservação, secagem e outras que não consubstanciem as referidas no citado diploma legal, são operações sujeitas a imposto e dele não isentas.

Assim, não invalida que os sujeitos passivos (pescadores e armadores) que muito embora tenham operações enquadradas no Decreto-Lei n.º 122/88 e outras cujo imposto é liquidado fora da lota, e por isso, enquadrados no regime normal do imposto, devam proceder à entrega das declarações periódicas, incluído nestas o imposto liquidado fora das lotas (se tal suceder) e o imposto dedutível respeitante a investimentos e demais despesas de comercialização.

Efetivamente, o número 2 do referido artigo 9.º do Decreto-Lei n.º 122/88, de 20 de abril prevê que a liquidação efetuada pelas lotas em substituição dos pescadores ou armadores não impedirá, por parte destes, o exercício do direito à dedução do imposto suportado a montante.

Tendo assim o sujeito passivo a possibilidade de deduzir o IVA suportado, nos termos gerais previstos no Código do IVA (CIVA), só será de considerar como gasto o IVA que não possa ser deduzido por imposição das limitações previstas no artigo 21.º do CIVA, ou por incumprimento das condições formais previstas no artigo 19.º do CIVA.

Quanto às aquisições de bens de abastecimento (por exemplo, redes, motor, combustíveis, etc., excluindo-se as provisões de bordo) para pôr a bordo da embarcação de pesca, estão isentas ao abrigo das alíneas d) e e) do número 1 do artigo 14.º do CIVA. No entanto, para que os fornecedores dos referidos bens os possam isentar, o adquirente (pescador ou armador) tem que emitir uma declaração, nos termos do número 8 do artigo 29.º do Código, nela indicando os bens que pretende adquirir e qual a embarcação (ou embarcações) a que se destinam.