A questão colocada refere-se ao enquadramento em impostos sobre o valor acrescentado (IVA), imposto municipal sobre as transmissões onerosas de imóveis (IMT) e imposto do selo (IS), referente à seguinte operação: 

«Uma empresa ("A”) inicia a atividade na área das unidades de saúde com internamento, CAE 86100, solicitou a renúncia à isenção de IVA.

Na primeira fase, a empresa ("A”), inicia, através de uma construtora, a construção do edifício da sua futura Unidade de Saúde, líquida e deduz o IVA devido.

Logo após a conclusão da construção, a empresa ("A”), vende o edifício a uma SCPI francesa, através da sua sucursal em Portugal, que tem o CAE 68200 e a atividade de arrendamento de bens imobiliários, empresa ("B”).

No mesmo ato, a empresa ("B”) arrenda o edifício à empresa ("A”) pelo prazo de 30 anos, renováveis, para o exercício da atividade das unidades de saúde com internamento, CAE 86100.

A empresa ("A”) inicia, efetivamente, a referida atividade de saúde e mantém a renúncia à isenção de IVA.»

Concretamente questiona se:

«1 - Na compra do edifício, a empresa ("B”) paga o IMT e imposto do selo devidos, correto?»

e

«2 -  A empresa ("A”) tem de fazer alguma regularização do IVA liquidado e deduzido, na construção do edifício? Em caso afirmativo, qual é o prazo em que a deve fazer?»

No caso concreto, não sendo referido, pressupomos estar estamos perante uma entidade isenta de IVA ao abrigo do artigo 9.º do CIVA, tendo sido requerida a renuncia à isenção prevista no artigo 12.º do CIVA.

As isenções previstas no artigo 9.º do Código do IVA são de aplicação obrigatória, pelo que apenas se mostra possível a sua renúncia nos casos elencados no artigo 12.º do Código do IVA.

Nos termos previstos na alínea b) do n.º 1 do artigo 12.º do Código do IVA:

«(...) 1 - Podem renunciar à isenção, optando pela aplicação do imposto às suas operações:

b) Os estabelecimentos hospitalares, clínicas, dispensários e similares, não pertencentes a pessoas coletivas de direito público ou a instituições privadas integradas no sistema nacional de saúde, que efetuem prestações de serviços médicos e sanitários e operações com elas estreitamente conexas (...).»

Em caso de renúncia à isenção, poderão os sujeitos passivos deduzir o imposto suportado nos inputs, mas terão que liquidar imposto em todos os serviços prestados, às taxas que lhes competirem. No caso concreto é referido que a entidade deduziu o imposto na construção do imóvel. 

Posteriormente, «logo após a conclusão da construção, a empresa ("A”), vende o edifício a uma SCPI francesa, através da sua sucursal em Portugal, que tem o CAE 68200 e a atividade de arrendamento de bens imobiliários, empresa ("B”). No mesmo ato, a empresa ("B”), arrenda o edifício à empresa ("A”), pelo prazo de 30 anos, renováveis, para o exercício da atividade das Unidades de Saúde com internamento, CAE 86100.»

A incidência do IMT e do IS aquando da transmissão do imóvel ocorre na esfera do adquirente, que é quem fica obrigado a pagar os impostos devidos por essa aquisição.

A transmissão de bens imóveis, sendo operação sujeita a IMT, é também isenta de IVA nos termos da alínea 30) do artigo 9.º do CIVA.

Nestes termos, tendo havido lugar a dedução do IVA em obras realizadas nesses imóveis deverão observar-se as regras previstas nos artigos 24.º a 26.º do CIVA.

Neste sentido e para melhor compreensão passamos a expor as referidas normas:

«Artigo 24.º - Regularizações das deduções relativas a bens do ativo imobilizado

1 - São regularizadas anualmente as deduções efetuadas quanto a bens não imóveis do ativo imobilizado se entre a percentagem definitiva a que se refere o artigo anterior aplicável no ano do início da utilização do bem e em cada um dos quatro anos civis posteriores e a que tiver sido apurada no ano de aquisição houver uma diferença, para mais ou para menos, igual ou superior a cinco pontos percentuais.

2 - São também regularizadas anualmente as deduções efetuadas quanto às despesas de investimento em bens imóveis se entre a percentagem definitiva a que se refere o artigo anterior aplicável no ano de ocupação do bem e em cada um dos 19 anos civis posteriores e a que tiver sido apurada no ano da aquisição ou da conclusão das obras houver uma diferença, para mais ou para menos, igual ou superior a cinco pontos percentuais.

3 - Para a regularização das deduções relativas a bens do ativo imobilizado, a que se referem os números anteriores, procede-se do seguinte modo:

a) No final do ano em que se iniciou a utilização ou ocupação e de cada um dos 4 ou 19 anos civis seguintes àquele, consoante o caso, calcula-se o montante da dedução que teria lugar na hipótese de a aquisição ou conclusão das obras em bens imóveis se ter verificado no ano em consideração, de acordo com a percentagem definitiva desse mesmo ano;

b) O montante assim obtido é subtraído à dedução efetuada no ano em que teve lugar a aquisição ou ao somatório das deduções efetuadas até ao ano da conclusão das obras em bens imóveis;

c) A diferença positiva ou negativa divide-se por 5 ou por 20, conforme o caso, sendo o resultado a quantia a pagar ou a dedução complementar a efetuar no respetivo ano.

4 - No caso de sujeitos passivos que determinem o direito à dedução nos termos do n.º 2 do artigo 23.º, a regularização das deduções relativas aos bens referidos nos n.ºs 1 e 2 tem lugar quando a diferença entre a afetação real do bem no ano do início da sua utilização e em cada um dos 4 ou 19 anos civis posteriores, respetivamente, representar uma alteração do IVA dedutível, para mais ou para menos, igual ou superior a 250 euros, sendo aplicável o método de cálculo previsto no número anterior, com as devidas adaptações.

5 - Nos casos de transmissões de bens do ativo imobilizado durante o período de regularização, esta é efetuada de uma só vez, pelo período ainda não decorrido, considerando-se que tais bens estão afetos a uma atividade totalmente tributada no ano em que se verifica a transmissão e nos restantes até ao esgotamento do prazo de regularização. Se, porém, a transmissão for isenta de imposto, nos termos dos n.ºs 30) ou 32) do artigo 9.º, considera-se que os bens estão afetos a uma atividade não tributada, devendo no primeiro caso efetuar-se a regularização respetiva.

6 - A regularização prevista no número anterior é também aplicável, considerando-se que os bens estão afetos a uma atividade não tributada, no caso de bens imóveis relativamente aos quais houve inicialmente lugar à dedução total ou parcial do imposto que onerou a respetiva construção, aquisição ou outras despesas de investimento com eles relacionadas, quando:

a) O sujeito passivo, devido a alteração da atividade exercida ou por imposição legal, passe a realizar exclusivamente operações isentas sem direito à dedução;

b) O sujeito passivo passe a realizar exclusivamente operações isentas sem direito à dedução, em virtude do disposto no n.º 3 do artigo 12.º ou nos n.ºs 3 e 4 do artigo 55.º;

c) O imóvel passe a ser objeto de uma locação isenta nos termos do n.º 29) do artigo 9.º

7 - As regularizações previstas nos n.ºs 3 e 4 não são aplicáveis aos bens do ativo imobilizado de valor unitário inferior a 2 500 euros nem aos que, nos termos do Decreto Regulamentar n.º 2/90, de 12 de janeiro, tenham um período de vida útil inferior a cinco anos.

8 - As regularizações previstas nos números anteriores devem constar da declaração do último período do ano a que respeita.»

Conforme previsto no n.º 5 ou n.º 6 do artigo 24.º do CIVA, a entidade deve proceder à regularização a favor do Estado, de uma só vez, do montante do IVA proporcional ao número de anos que faltem para completar o período de 20 anos a partir do ano em que iniciou a ocupação do imóvel (após as obras estarem concluídas, seguida de ocupação imediata).

Este IVA a ter em conta será o liquidado por fornecedores e prestadores e deduzido pela empresa, e também o autoliquidado pela mesma em situações em que foi aplicada a regra da inversão do sujeito passivo nas prestações de construção civil.

Esta regularização é feita de uma só vez, pelo período de tempo que falta decorrer até se completar o prazo dos 20 anos, e é incluído (o imposto a regularizar) no campo 41 do quadro 6 da declaração periódica, declaração do último período do ano (último mês ou trimestre, consoante o caso), conforme n.º 8 do artigo 24.º do CIVA, sendo que, neste caso, terá que regularizar o imposto que deduziu na proporção da permilagem da fração transmitida.

Considerando a anteriormente exposto, nos casos em que a entidade alienar os imóveis, terá de regularizar o IVA proporcional ao número de anos que faltem para completar o período de 20 anos a partir do ano em que iniciou a ocupação do imóvel.