O Código do IVA tributa as transmissões de bens, enquanto operações efetuadas no território nacional, a título oneroso, por um sujeito passivo agindo como tal. Como regra, considera-se que a transmissão de bens é a transferência onerosa de bens corpóreos por forma correspondente ao exercício do direito de propriedade.
Contudo, quando se trata da venda de um património, ou de parte dele, que seja suscetível de constituir um ramo de atividade autónoma e desde que o adquirente seja (ou venha a ser pela compra) sujeito passivo de imposto, esta operação é afastada da tributação em sede de IVA.

Determinar a territorialidade da operação, ou definir onde é que a operação se localiza, é um procedimento essencial para o enquadramento da mesma. Só após definirmos em que país ou território se localiza a operação é que poderão ser analisadas as normas de isenção.
Primeiro localiza-se a operação tendo em conta as regras do IVA, só depois se analisam as normas de isenção que se podem aplicar ou, não sendo aplicável qualquer isenção, se analisam as diversas taxas que podem vigorar nesse país ou território.

No n.º 1 do artigo 6.º estabelece-se a regra de localização inerente às transmissões de bens, sendo tais operações tributáveis em Portugal, quando os bens aqui se situem, no momento em que se inicia o transporte ou a expedição para o adquirente, ou no caso de não existir transporte ou expedição, no momento em que são postos à disposição do adquirente.
Sendo a operação localizada em Portugal deverá verificar-se a existência de norma de isenção, por exemplo se estivermos perante uma transmissão intracomunitária de bens ou perante uma exportação. As isenções aplicam-se quando estão reunidas as condições previstas nas respetivas normas.
Assim, quando estamos perante a venda de bens de uma empresa portuguesa para outra empresa portuguesa, indo esta última fazer uma transmissão intracomunitária, na primeira venda haverá liquidação de IVA, na segunda venda poderá ser aplicável a isenção das transmissões intracomunitárias de bens.

Se a prestação de serviços adquirida se localizar em Portugal, é o sujeito passivo português quem tem que proceder à liquidação de IVA pela compra realizada. Por exemplo, se contrata serviços de consultoria ou de publicidade. Estas operações ficam enquadradas na regra geral de localização, ou seja, a vulgarmente denominada regra do adquirente. O imposto assim liquidado é suscetível do direito à dedução nos termos gerais previstos no Código.

Estas alterações constam do Decreto-Lei n.º 28/2019, de 15 de fevereiro, cuja entrada em vigor será essencialmente em 1 de janeiro de 2020.
Este diploma introduz um novo conceito de documentos fiscalmente relevantes, sendo estes os documentos de transporte, recibos e quaisquer outros documentos emitidos, independentemente da sua designação, que sejam suscetíveis, nomeadamente, de apresentação ao cliente que possibilitem a conferência de mercadorias ou de prestação de serviços, que estão sujeitos às obrigações introduzidas por esta nova legislação.

As faturas e demais documentos fiscalmente relevantes devem ser processados por programas informáticos de faturação certificados; este será o meio mais usual. Prevê-se que a Autoridade Tributária disponibilize uma aplicação de faturação para todos os agentes económicos (atualmente tal só e possível para sujeitos passivos pessoas singulares).
As faturas e demais documentos fiscalmente relevantes podem também ser emitidas por outros meios eletrónicos, nomeadamente máquinas registadoras, terminais eletrónicos ou balanças eletrónicas, ao abrigo de procedimentos de simplificação legalmente previstos
Continua ainda a ser possível a utilização de documentos pré-impressos em tipografia autorizada, sendo este meio de processamento de documentos residual.

Os sujeitos passivos estão obrigados a utilizar, exclusivamente, programas informáticos de faturação certificado caso disponham ou sejam obrigados a dispor de contabilidade organizada.
Esta obrigatoriedade, tendo entrado em vigor com a publicação do Decreto-Lei n.º 28/2019, veio a ser prorrogada para 1 de janeiro de 2020 através de despacho do Secretário de Estado dos Assuntos Fiscais.
Por exemplo, um sujeito passivo de IRC que antes, pelo seu reduzido volume de negócios, emitia faturas manuais passará agora a ter que utilizar programa de faturação certificado. Também os sujeitos passivos de IRS com contabilidade organizada terão que transitar para este meio de processamento de faturas e documentos fiscalmente relevantes.

Os sujeitos passivos com sede, estabelecimento estável ou domicílio em território nacional e outros sujeitos passivos cuja obrigação de emissão de fatura se encontre sujeita às regras estabelecidas na legislação interna, estão obrigados a utilizar, exclusivamente, programas informáticos que tenham sido objeto de prévia certificação pela AT, sempre que tenham tido, no ano civil anterior, um volume de negócios superior a 50 mil euros.
Relativamente ao ano de 2019, importa considerar a norma transitória prevista que fixa o limite de 75 mil euros de volume de negócios.
No exercício em que se inicia a atividade, em que o período de referência seja inferior ao ano civil, o volume de negócios será anualizado, para efeitos deste limite.

Qualquer sujeito passivo que já utilize um programa informático de faturação (que não seja certificado) na emissão das suas faturas e documentos fiscalmente relevantes, terá que, obrigatoriamente, a partir de 1 de janeiro de 2020, transitar para outro programa de faturação certificado.
Deixará de ser possível a utilização de programas informáticos de faturação que não se encontrem devidamente certificados pela Autoridade Tributária.

A partir de 1 de janeiro de 2020 apenas estão dispensados de emitir fatura as pessoas coletivas de direito público, organismos sem finalidade lucrativa e IPSS que pratiquem exclusivamente operações isentas de imposto e que tenham obtido para efeitos de IRC, no período de tributação imediatamente anterior, um montante anual ilíquido de rendimentos não superior a 200 mil euros.
Também continuam dispensados os sujeitos passivos que realizem operações financeiras e de seguros, isentas de IVA, quando o destinatário esteja estabelecido ou domiciliado noutro Estado membro da União Europeia e seja um sujeito passivo do IVA.
As entidades comerciais que praticam exclusivamente isentas de IVA, que até final do ano estão dispensadas de emitir fatura, deixarão de o estar, havendo que conjugar esta obrigatoriedade com a necessidade de utilização de programa informático de faturação.