Os sujeitos passivos podem, sem necessidade de pedido de autorização prévia regularizar (deduzir a seu favor) o IVA relativo a créditos considerados incobráveis, sempre que este facto relevante (a incobrabilidade) se verifique em momento anterior à consideração como crédito de cobrança duvidosa (24 meses de mora).

Pode haver lugar a regularização do IVA anteriormente liquidado quando os créditos se mostrem incobráveis através de processo de execução (após o registo informático de extinção do processo, a que se refere a alínea b) do n.º 2 do artigo 717º do Código do Processo Civil), em processo de insolvência ou em processo especial de revitalização (PER), nos termos previstos no Sistema de Recuperação de Empresas por Via Extrajudicial (SIREVE) e quando for celebrado o acordo sujeito ao Regime Extrajudicial de Recuperação de Empresas (RERE).

Quando o crédito se mostre incobrável por um dos mecanismos previstos em sede de IVA para efeitos de regularização do imposto, o credor terá de comunicar ao devedor, que seja sujeito passivo de IVA, a anulação total ou parcial do imposto, para efeitos de retificação da dedução inicialmente efetuada, devendo esta comunicação identificar as faturas, o montante do crédito e do imposto a ser regularizado, o processo ou acordo em causa, bem como o período em que a regularização é efetuada.

Nestes processos, a incobrabilidade considera-se verificada na data do registo informático de extinção do processo, a que se refere a alínea b) do n.º 2 do artigo 717.º do Código do Processo Civil. Assim, para efeitos de regularização do IVA, para além da certificação de ROC e da comunicação da regularização ao devedor, o credor deve estar na posse de comprovativo de que a execução foi extinta por não terem sido encontrados bens penhoráveis. Este comprovativo pode ser uma certidão judicial passada para o efeito ou documento extraído do CITIUS, comprovativo da extinção da execução.

Quando a insolvência é decretada com caráter limitado, por inexistência ou insuficiência da massa insolvente, os sujeitos passivos que tenham créditos sobre o insolvente, independentemente de terem intervindo no processo ou de terem reclamado os respetivos créditos, podem regularizar a seu favor o IVA correspondente ao montante que tenha ficado por pagar, após o trânsito em julgado da sentença que declarou a insolvência com caráter limitado. Neste caso, para além da certificação de ROC e da comunicação da regularização ao devedor, o credor deve estar na posse de certidão judicial ou de qualquer outro meio de prova onde conste que a insolvência foi declarada com caráter limitado. A data do trânsito em julgado da sentença pode constar de certidão judicial ou ser confirmada por qualquer outro meio.

O IVA liquidado através de um ato isolado será entregue nos cofres do Estado através do modelo P2. O seu pagamento deverá ser realizado até final do mês seguinte ao da conclusão da operação.

Por exemplo, os sujeitos passivos cujo volume de negócios de 2018 tenha sido igual ou superior a 650 mil euros deverão obrigatoriamente, a partir de 2020, passar para o regime mensal de IVA. Esta alteração será comunicada, durante o ano de 2019, pela Autoridade Tributária e Aduaneira.
Independentemente do volume de negócios, os sujeitos passivos poderão sempre, por sua opção, transitar do regime trimestral para o regime mensal. Para o efeito devem entregar uma declaração de alterações e terão que permanecer nesse regime durante um período de três anos.

Os sujeitos passivos obrigados a emitir faturas através de programa de faturação certificado devem, em caso de inoperacionalidade do mesmo, utilizar faturas pré-impressas por tipografia autorizada, as quais devem posteriormente ser recuperadas para o programa.
Considera-se existir inoperacionalidade do programa quando o acesso a este se mostre inviável, podendo resultar, nomeadamente, de avaria do equipamento informático, de falta de energia eléctrica ou falha no acesso à aplicação por falta de cobertura de rede pelo operador de telecomunicações (em caso de utilização de programa através da internet ou de soluções de mobilidade).

As faturas e demais documentos fiscalmente relevantes podem ser elaborados pelos adquirentes dos bens ou serviços ou por um terceiro, em nome e por conta do sujeito passivo, sendo, em qualquer dos casos, responsável pela sua emissão e veracidade o vendedor ou prestador dos serviços.
Este acordo de autofaturação carece de autorização por parte da Autoridade Tributária quando o adquirente dos bens ou serviços, ou o terceiro, não se encontre estabelecido em qualquer Estado-membro da União Europeia.

As faturas e demais documentos fiscalmente relevantes, independentemente do meio de processamento utilizado para a sua emissão (por programa informático de faturação certificado, pré-impressos por tipografia autorizada, ou outro) deve conter um código de barras bidimensional (código QR) e um código único de documento, nos termos a definir por portaria do membro do Governo responsável pela área das finanças.
O Decreto-Lei n.º 28/2019 determina a entrada em vigor desta nova obrigatoriedade a partir de 1 de janeiro de 2020. Contudo, como se aguarda regulamentação e a mesma necessita de um tempo de adaptação, prevê-se a sua entrada efetiva em vigor apenas a partir de 2021.