De acordo com a Portaria n.º 302/2016 devem constar da tabela 4.1 - Documentos comerciais a clientes (SalesInvoices) todos os documentos de venda e retificativos emitidos pela empresa, incluindo os documentos anulados, devidamente assinalados, para permitir verificar a sequencialidade da numeração dos documentos dentro de cada série documental, que deve ter uma numeração pelo menos anual.
De acordo com as FAQ do Portal da AT:
02-3648 Quando é que é necessário pedir a substituição do ficheiro enviado?
Justifica-se a substituição, quando os elementos constantes do Portal das Finanças (e-Fatura) divirjam dos elementos que constam no documento emitido. Por regra, tal situação deve-se à existência de erros na construção do ficheiro.
Os ficheiros submetidos devem refletir a informação dos documentos emitidos.
A referência à fatura anulada será comunicada à AT através do ficheiro SAF-T (PT) relativo ao mês em que executou a anulação da fatura e a emissão da nova. Não existe a necessidade de substituição do ficheiro SAF-T (PT) por ter anulado uma fatura.