Em sede de IVA, no que concerne às atividades de prática médica em clínica geral e em clínica especializada, importa analisar o seguinte:

Resulta dos números 1 e 2 do artigo 9.º do Código do IVA, que estão isentas do imposto:

1) As prestações de serviços efetuadas no exercício das profissões de médico, odontologista, parteiro, enfermeiro e outras profissões paramédicas;

2) As prestações de serviços médicos e sanitários e as operações com elas estreitamente conexas efetuadas por estabelecimentos hospitalares, clínicas, dispensários e similares;"

Estas isenções previstas no n.º 1 e n.º 2 do artigo 9.º do CIVA não estão diferenciadas de forma jurídica como estão a ser prestados os serviços médicos. No caso de um conjunto de médicos que exerça a sua profissão através de uma sociedade, a isenção aplicável continua a ser prevista no n.º 1 do artigo 9.º do CIVA, como aliás resulta das várias informações vinculativas já emitidas (Ex: Despacho de 2012/05/30 - Processo n.º 3225).

A isenção prevista no n.º 2 do artigo 9.º cinge-se apenas às prestações de natureza médica, bem assim as operações com elas estritamente conexas, efetuadas em meio hospitalar.

Esta isenção decorre da transposição das Diretivas de IVA aplicáveis.

Dispõe o artigo 132.º da Diretiva 2006/112/CE, tal como dispunha o artigo 13.º, A, n.º 1, alínea b) da Sexta Diretiva, que os Estados membros isentam "A hospitalização e a assistência médica, e bem assim as operações com elas estreitamente relacionadas, asseguradas por organismos de direito público ou, em condições sociais análogas às que vigoram para estes últimos, por estabelecimentos hospitalares, centros de assistência médica e de diagnóstico e outros estabelecimentos da mesma natureza devidamente reconhecidos".

Ou seja, deve considerar-se inserido no n.º 2 do artigo 9.º do CIVA apenas as prestações de natureza médica, bem como as operações com elas estreitamente relacionadas, efetuadas em meio hospitalar.

Por outro lado, poderão as prestações efetuadas pelas entidades prestadores de serviços de saúde ser consideradas como "estreitamente conexas" quando prestadas como prestações acessórias da hospitalização ou da assistência médica e que constituem a prestação principal.

Assim, só as prestações de serviços que se inscrevem logicamente no âmbito do fornecimento dos serviços de hospitalização e de assistência médica e que constituem uma etapa indispensável no processo de prestação desses serviços para atingir as finalidades terapêuticas prosseguidas por estes são suscetíveis de constituir operações "estreitamente conexas" (vide Acórdão do TJUE, de 16/06/2010, CopyGene A/S - Proc: C-262/08), o que poderá ser o caso dos serviços a faturar pela entidade em causa se efetivamente cumprirem o atrás disposto.

Neste sentido, se a entidade em causa, presta serviços médicos e de clínica geral e especializada, beneficia da isenção estabelecida no n.º 1 do artigo 9.º. do CIVA.

Relativamente às atividades de consultadoria para os negócios e a gestão e outras atividades desportivas não especificadas, são prestações de serviços sujeitas a IVA, de acordo com o conceito residual de prestação de serviços previsto no n.º 1 do artigo 4.º do CIVA. Para estas atividades, não é aplicável nenhuma isenção prevista no artigo 9.º do CIVA.

A taxa de IVA aplicar às prestações de serviços acima indicadas é a constante da alínea c) do n.º 1 do artigo 18.º do CIVA.

Tratando-se de um sujeito passivo de IVA do regime misto (pratica operações sujeitas a IVA e operações isentas de IVA que não conferem direito à dedução), este deverá ter em conta na dedução do imposto suportado as regras estabelecidas no artigo 23.º do CIVA, bem como as instruções da Autoridade Tributária sobre a aplicação das regras deste artigo que constam do Ofício-Circulado n.º 30103, 23/04/2008.

A forma de atestar ou comprovar a utilização dos bens ou serviços terá de atender à operação em causa, não podendo ser avaliada de forma genérica, sob pena de se estabelecerem procedimentos ou regras não compatíveis com a situação real.

Em termos muitos simplitas, podemos dizer que é dedutível o IVA das despesas suportadas relacionadas exclusivamente com a atividade tributada (que confere direito à dedução) e não é dedutível o IVA das despesas relacionadas exclusivamente com a atividade isenta (que não confere direito à dedução). Apenas em relação a bens ou serviços que sejam utilizados, em simultâneo, em ambas as atividades será necessário recorrer a um dos métodos referidos no artigo 23.º do CIVA: afetação real ou pro-rata.

O n.º 2 do artigo 23.º refere que: "Não obstante o disposto da alínea b) do número anterior, pode o sujeito passivo efetuar a dedução segundo a afetação real de todos ou parte dos bens e serviços utilizados, com base em critérios objetivos que permitam determinar o grau de utilização desses bens e serviços em operações que conferem direito a dedução e em operações que não conferem esse direito, sem prejuízo de a Direcção-Geral dos Impostos lhe vir a impor condições especiais ou a fazer cessar esse procedimento no caso de se verificar que provocam ou que podem provocar distorções significativas na tributação".

Pelo que, será ao sujeito passivo que compete estabelecer e comprovar esse critério, de acordo com os elementos de que disponha, que, mesmo na impossibilidade de ser exato, deverá ser o mais aproximado possível da real repartição da utilização dos bens e serviços comuns.

Não sendo possível estabelecer essa relação, isto é, não conseguindo o contribuinte encontrar um critério objetivo, poderá recorrer ao método do pro rata, que consiste em deduzir o imposto com base em uma percentagem provisória, fazendo-se as regularizações devidas no último período de tributação do ano civil (mês ou trimestre) com base na percentagem definitiva desse ano (o que implicará também a entrega de declaração de alterações dando informação sobre a mudança do método usado).

Aconselhamos a leitura do Ofício indicado onde se esclarece a utilização destes métodos.